Le juge d'instruction est un magistrat "assis" qui instruit les affaires judiciaires. En Belgique, il s'agit d'un juge du Tribunal de Première Instance, qui est affecté à l'instruction pour un mandat d'une durée déterminée.
Les juges d'instruction doivent être impartiaux, et donner toutes les apparences de l'impartialité. Le juge d'instruction doit instruire les affaires à charge et à décharge du suspect. Lorsque le juge d'instruction estime que son enquête est achevée, il rend une ordonnance de soit-communiqué. Le dossier est alors transmis au Parquet, qui peut soit solliciter du juge d'instruction l'accomplissement de devoirs d'enquête complémentaires, soit tracer un réquisitoire en vue du règlement de la procédure. Le dossier est alors mis à disposition des parties (inculpé, partie civile), qui peuvent à leur tour solliciter des devoirs d'enquête complémentaires.
La Chambre du Conseil décide alors, après avoir entendu les parties, s'il existe ou non des charges contre le ou les inculpés. Elle va alors, soit prononcer une ordonnance de renvoi devant le Tribunal correctionnel, en cas de délits ou de crimes correctionnalisables, soit prononcer une ordonnance de non-lieu, si elle estime qu'il n'y a pas de charges suffisantes. Si les faits visés constituent un crime non-correctionnalisables, le dossier sera transmis à la Chambre des mises en accusation qui pourra renvoyer l'accusé devant la Cour d'Assises (seule compétente pour connaître des crimes).
La Chambre du conseil peut également juger sur le fond et décider de la suspension du prononcé de la condamnation, lorsque celle-ci pourrait déclasser l'inculpé, ou décider d'un internement.
Le juge d'instruction peut être saisi soit par un réquisitoire de mise à l'instruction, émanent du Parquet, ou par une constitution de partie civile d'une personne, physique ou morale.
C'est le juge d'instruction qui prend la décision de placer un inculpé sous mandat d'arrêt (détention préventive), souvent à la demande du procureur du Roi.
Il reçoit également les demandes de devoirs complémentaires de l'inculpé, du Procureur du Roi, ou des parties civiles.